PredPhos: an ensemble framework for structure-based prediction of phosphorylation sites

Table 2 Performance comparison on the independent test dataset

Tools	Kinase family	Sn	Sp	Pre	CC	F1
PPSP	PKA	1.000	0.540	0.096	0.228	0.176
	PKC	0.400	0.527	0.031	−0.028	0.058
	CK2	0.500	0.390	0.038	−0.047	0.071
	SRC	0.538	0.859	0.286	0.304	0.373
	MAPK	0.571	0.380	0.043	−0.021	0.081
Kinasephos	PKA	0.125	0.877	0.048	0.001	0.069
	PKC	0.200	0.863	0.053	0.034	0.083
	CK2	0.500	0.976	0.500	0.476	0.500
	SRC	0.115	0.960	0.231	0.103	0.154
	MAPK	0.571	0.937	0.308	0.381	0.400
NetphosK	PKA	0.375	0.914	0.176	0.204	0.240
	PKC	0.200	0.802	0.037	0.001	0.063
	CK2	0.500	0.805	0.111	0.158	0.182
	SRC	0.038	1.000	1.000	0.187	0.074
	MAPK	0.286	0.979	0.400	0.311	0.333
GPS	PKA	0.500	0.871	0.160	0.222	0.242
	PKC	0.600	0.695	0.070	0.119	0.125
	CK2	0.500	0.854	0.143	0.202	0.222
	SRC	0.462	0.871	0.273	0.265	0.343
	MAPK	0.571	0.789	0.118	0.182	0.195
PredPhos	PKA	0.571	0.779	0.100	0.164	0.170
	PKC	0.824	0.870	0.452	0.544	0.583
	CK2	1.000	0.659	0.176	0.341	0.300
	SRC	0.789	0.802	0.234	0.356	0.361
	MAPK	0.375	0.986	0.600	0.452	0.462

ISSN: 2241-5793