Skip to main content

Table 2 Performance comparison on the independent test dataset

From: PredPhos: an ensemble framework for structure-based prediction of phosphorylation sites

Tools Kinase family Sn Sp Pre CC F1
PPSP PKA 1.000 0.540 0.096 0.228 0.176
PKC 0.400 0.527 0.031 −0.028 0.058
CK2 0.500 0.390 0.038 −0.047 0.071
SRC 0.538 0.859 0.286 0.304 0.373
MAPK 0.571 0.380 0.043 −0.021 0.081
Kinasephos PKA 0.125 0.877 0.048 0.001 0.069
PKC 0.200 0.863 0.053 0.034 0.083
CK2 0.500 0.976 0.500 0.476 0.500
SRC 0.115 0.960 0.231 0.103 0.154
MAPK 0.571 0.937 0.308 0.381 0.400
NetphosK PKA 0.375 0.914 0.176 0.204 0.240
PKC 0.200 0.802 0.037 0.001 0.063
CK2 0.500 0.805 0.111 0.158 0.182
SRC 0.038 1.000 1.000 0.187 0.074
MAPK 0.286 0.979 0.400 0.311 0.333
GPS PKA 0.500 0.871 0.160 0.222 0.242
PKC 0.600 0.695 0.070 0.119 0.125
CK2 0.500 0.854 0.143 0.202 0.222
SRC 0.462 0.871 0.273 0.265 0.343
MAPK 0.571 0.789 0.118 0.182 0.195
PredPhos PKA 0.571 0.779 0.100 0.164 0.170
PKC 0.824 0.870 0.452 0.544 0.583
CK2 1.000 0.659 0.176 0.341 0.300
SRC 0.789 0.802 0.234 0.356 0.361
MAPK 0.375 0.986 0.600 0.452 0.462