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Table 12 Comparison of drug binding motifs of analyzed NSPs for antiviral drugs

From: Predicted antiviral drugs Darunavir, Amprenavir, Rimantadine and Saquinavir can potentially bind to neutralize SARS-CoV-2 conserved proteins

  7K3N (Nsp1) 6WEY (Nsp3) 6M03 (Nsp5) 7JLTNsp7-8 6W4B
(Nsp9)
6ZCTNsp10 6M71 (Nsp7/8/12) 7NIO Nsp13 5C8S (Nsp14) 6VWW (Nsp15) 7BQ7 Nsp16-10 Total binding sites
Amphetamine     +           1
Amprenavir  +  +  +   +  +  +  +     +  +      +  +  +   +  +  +   +  +  +   +  +   +  +  22
Atazanavir  +        +  +   +   +   +   +   +  +  +  10
Darunavir  +  +  +  +  + 
 +  +  +  +  + 
 +  +  +  +  +  +   +  +   +     +  +  +   +  +  +  +   +  +   +  +  +  +  +  +  +   +  +  +  +  +   +  +  +  +  +  45
Grazoprevir       +   +  +      +     +  +  6
Indinavir  +     +      +   +   +  +  +   +   +  +  +   +  12
Lopinavir        +     +  +   +  +   +  +  +   +  9
Nelfinavir  +  +     +   +      +  +   +      +  8
Nevirapine     +           1
Ribavirin     +     +         2
Rimantadine  +   +  +   +  +  +   +   +  +  +     +   +  +   +  +  +  +  +     +  +  20
Ritonavir     +      +     +      +  +  5
Saquinavir  +  +   +     +     +   +  +  +   +   +  +   +  +  +   +  +  +  +  18
Tipranavir  +   +  +   +     +     +  +   +   +  +   +   +  12
  1. Among fourteen drugs four (Amprenavir, Darunavir, Rimantadine, Saquinavir) have very significant and the other two (Indinavir, Tipranavir) have moderatenumber of binding motifs. ‘ + ’ sign indicates no. of drug binding motifs